Den opprinnelige stavkirken ble bygget i Fortun i Sogn i ca. 1170 som en langkirke med hevet midtrom. I de påfølgende århundrene ble det flere ganger gjort endringer på kirken, blant annet ble den forlenget, og det ble bygget til et vesttårn, før kirken ble revet i 1883.
Materialene fra den revne kirken ble kjøpt av konsul Fredrik Georg Gade, som sørget for at kirken ble gjenoppbygget på hans eiendom Fantoft, der den fungerte som kapell for familien. Ved gjenoppbyggingen ble kirken konstruert slik den antas å opprinnelig ha sett ut.
Fantoft Stavkirke ble førstesidestoff i avisene tidlig i juni i 1992 da kirken ble påtent og brant ned nesten til grunnen. Det eneste som stod igjen var rester av skjelettet. Varg Vikernes ble tiltalt for antenningen, men det fantes ikke nok beviser til at han kunne dømmes.
Beslutningen om at kirken skulle gjenoppbygges ble tatt umiddelbart. Men gjenoppbyggingen ble en stor utfordring for de ansvarlige ettersom det var flere hundre år siden sist det ble bygget en stavkirke i Norge, så den eksisterende kunnskapen om denne typen byggverk var beskjeden. Det var også svært lite som kunne brukes fra den gamle kirken så de fleste bygningsdelene måtte lages på stedet etter oppmålinger og eksisterende tegninger. Tømmeret som ble brukt i gjenoppbyggingen var 350-400 år gamle furutrær som vokste i ca. 400 meters høyde i Kaupanger. De eneste gjenværende objektene fra den opprinnelige kirken er en ønskestein som er plassert i den ene veggen, og korset på alteret.
I 1997 var kirken endelig gjenreist og i slutten av august ble den vigslet.
Kirken er åpen for besøk i sommersesongen, men det er fullt mulig å ta en nærmere kikk fra utsiden også resten av året. Fantoft Stavkirke er et av mange populære bildemotiver fra Bergen på Instagram.
Billetter ved inngang. Kun kort. Billettsalg stenger 15 min. før stengetid.