Før fyret blei tent låg det første fyrskipet i landet i leia utanfor revet. På grunn av Lepsøyrevet som strakte seg over sundet mellom fastlandet og Lepsøya kunne skip berre passere via ei smal og grunn renne i revet.
Fyrkommisjonen var bekymra for skipstrafikken på grunn av forholda her og fyrskipet blei plassert her i 1856. Fyrskipet sleit seg derimot frå fortøyingane i ein storm allereie i 1857 og skroget fekk så store skader at skipet ble kondemnert. For å stå av vinterstormane blei det derfor plassert eit større fyrskip på samme stad. Det nye fyrskipet lyste opp fyrste gong 8. januar 1858 og var i bruk fram til 1867 då nok eit nytt skip tok over. Skipet hadde en fyrvoktar, tre menn og ein gut. Sidan det var dyrt å halde fyrskipet i drift og det berre blir regna å ha ei levetid på 8-10 år foreslo ein å bygge eit fyr på fastlandet.
Fyret blei bygd ytst på ein 220 meter lang molo. Fyret inneheldt også boligen til fyrvokteren og familien hans. På land stod naust, uthus og fjøs. Fyret blei tent i 1879 og fyrskipet blei avbemanna og solgt. Fyret fekk elektrisk straum i 1930. Under andre verdskrig blei fyret angrepet av allierte fly to gonger i 1944 og sterkt skadd. Fyret blei automatisert og avbemanna i 1956.
I 2009 begynte foreninga Lepsøyrevets Fyrvenner oppussing av fyret, som stod ferdig i 2014.
